Do obsługi zestawu pompowego ZP2006 służy blok sterowania BS2006. Blok ten działa według poniższego diagramu:

Blok sterowania czuwa nad właściwym poziomem próżni wstępnej oraz obiegiem chłodzenia, wymaganym przez pompę dyfuzyjną. Układ wspólpracuje z czujnikiem wody chłodzącej; temperaturę wody mierzy popularny czujnik DS18B20.
Wygląd sterownika wraz z próżniomierzem PN2006 przedstawia poniższa fotografia.